Les algues (en particulier les algues bleu vert) présentent plusieurs problèmes pour les usines d’eau potable, y compris des problèmes de goût et d'odeur, une augmentation du contenu en composés organiques totaux (COT) de l'eau brute, des changements journaliers des pH de l'eau brute, une augmentation de la turbidité de l’eau filtrée ou des pertes de charges croissantes.  Les méthodes pour contrôler les algues se répartissent en trois classes:

• Méthodes de suppression:  La recherche a démontré la faisabilité du retrait des cellules d’algues intactes (sans destruction des parois cellulaires) par la coagulation et la sédimentation.  Les facteurs favorisant le retrait sont : l'utilisation suffisante de coagulant pour assurer la neutralisation de charge, de grandes fractions de volume de floc et des flocs de grandes dimensions.
• Contrôle de l'environnement:  Ces méthodes limitent la croissance des algues par le contrôle de certains facteurs environnementaux.  Les méthodes couramment utilisées incluent:  a) la limitation de la consommation d’orthophosphate par les algues (en général son nutriment limitant) par précipitation et retrait à l’aide de l'alun et b) la circulation forcée dans le réservoir d’eau brute afin de promouvoir la compétition entre le métabolisme des "bons" et des "mauvais" types d'algues.
• Méthodes destructrices:  Ces méthodes visent à détruire les algues.  Ces techniques comprennent l'utilisation d'algicides (par exemple, le sulfate de cuivre), désinfectants puissants (par exemple, l'ozone, le permanganate, et les chloramines) et des destructeurs ultrasoniques de cellules.